配線終了し、全面に輪郭線入力でベタパターンを入力した後に、打ち抜き線入力でランドや信号パターン等を避け時に、必要なクリアランスをどうやってとるのでしょうか?

マニュアルで正確にクリアランスを取る事は大変ですので、メニューの「入力」－「ベタ面自動発生」で行います。