ランドを部品面に置くと、ハンダ面側にもランドが置かれますが、それらは電気的につながっているのでしょうか？ またその設定はどこですればよろしいのでしょうか？
はい、ランドデータで指定されているスタックテーブルの内容で、穴径が設定されていてスルーホール（TH)と設定されていれば電気的に接続とみなしています。
「設定」－「スタックテーブルの設定」でホール径、ランド、レジストなどのサイズ等を設定、変更、削除（未設定）を行ないます。
変更したい場合は既存のデータや今後のデータ互換の為、変更せずにスタックテーブルを追加して下さい。