ベタGNDを作成して、電源ランドを避けるためにベタ境界を含んだところにランド周りを打抜きしました。その後逆ネット抽出で見ると電源とGNDがショートしていました。ベタ内部に完全に含まれる打抜きエリアではそのようなことはないので、ベタ境界をまたぐ打抜きエリアは作成できませんか。

ベタGNDを作成して、電源ランドを避けるためにベタ境界を含んだところにランド周りを打抜きしました。その後逆ネット抽出で見ると電源とGNDがショートしていました。ベタ内部に完全に含まれる打抜きエリアではそのようなことはないので、ベタ境界をまたぐ打抜きエリアは作成できませんか。

はい、ベター境界をまたぐ打抜きエリアは出来ません。 打抜きではなく、ランドを避けて輪郭を作って下さい。
輪郭の修正は、ツールメニューの「輪郭線入力」アイコンを右クリックで「輪郭修正」になります。
または、輪郭同士が重なった箇所を削除する「輪郭演算」で行います。