ネットリストを読み込んだ後、終了する際に「無効リスト」の表示が出て、削除を選択するとすべてのネットリストが消えてしまいます。

はい、削除されてしまいます。部品配置されていない部品端子のネットを無効リストとして表示されます。（存在しない端子）部品配置前にネット入力を行う場合は、「無効データを削除しますか？」のメッセージが表示されたら「いいえ」を選択し削除しないで下さい。